Цитата: Оформление накладных на закупку является обязательным условием для УСН "доходы"?
Загляните в 402-ФЗ "О бухгалтерском учёте". Его действие (не в полном объёме, но в части оформления и хранения первичных документов совершенно точно) распространяется и на ИП, независимо от применяемой системы налогообложения.
Цитата: Налоговая может запросить накладные и на закупку тоже?
Да, конечно. В целях проверки вашей налоговой базы ей это конечно совсем не интересно, но есть же еще встречные проверки ваших контрагентов: поставщиков, покупателей, перевозчиков. В их рамках у вас имеют право запросить все документы, связанные с заключенными сделками.
Цитата: А чем для нас грозит отсутствие транспортных накладных?
Совсем напрямую пожалуй ничем, т.к. вы не уменьшаете налоговую базу на транспортные расходы, да и расходы на закупку товара не учитываете никак. Но есть еще разные непредвиденные варианты развития событий: сомнение налоговиков в реальности сделки (и подозрение в подписании фальсифицированных документов); невозможность для вашего покупателя принять в налоговом учёте расходы, не подтвержденные правильно оформленными документами; обвинение в том, что овощи вы (или ваш покупатель) украли, а не законно купили, и т.п. Заранее никогда не угадать, как могут развернуться события.
Цитата: В 1 квартале этого года у нас было несколько отгрузок, на которые мы выставляли нашему покупателю только счет на оплату и УПД.
Начните хотя бы сейчас оформлять всё правильно.